ae_table_soc(): grouper les grades #53
Description
Décrire chaque grade séparément rend les tables plus grandes et la lecture plus lourde.
Il faudrait ajouter un argument ae_groups pour pouvoir grouper les grades.
Suggestion d'interface:
db$ae %>%
ae_table_soc(df_enrol=db$enrolres, arm="ARM", term="AETERM", total=FALSE, variant="sup",
ae_groups=list("Any grade"=1:5, "Grade 1-2"=1:2, "Grade ≥3"=3:5)
Résultat attendu
Ici j'utilise rowSums() en post-prod mais ce n'est pas très propre et ça ne marchera que pour le variant sup.
Il faudra trouver une alternative pour la fonction en interne.
library(tidyverse)
library(grstat)
library(flextable)
db = grstat_example(N=300)
n_min = 10
db$ae %>%
# filter(AEREL %in% c("xxx", "xxx", "xxxx")) %>%
ae_table_soc(df_enrol=db$enrolres, arm="ARM", term="AETERM", total=FALSE, variant="sup") %>%
mutate(
tot = rowSums(cbind(as.numeric(str_extract(control_G1, "\\d*")),
as.numeric(str_extract(treatment_G1, "\\d*"))), na.rm = TRUE),
.after=soc,
term = fct_reorder(term, tot, .fun=sum)
) %>%
filter(term!=0, tot>n_min) %>%
select(-tot) %>%
arrange(desc(term)) %>%
as_flextable() %>%
set_header_labels(term="CTCAE v4.0 Term (treatment-related adverse event)",
control_G1="Any grade", treatment_G1="Any grade",
control_G3="Grade ≥3", treatment_G3="Grade ≥3") %>%
delete_columns(1) %>%
delete_columns(c(3, 5:7, 9, 11:13)) %>%
merge_h(i=1, part="header")
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