BUG: error when the initial configuration for exploration is abacus/stru #312
Description
when I use configurations in abacus/stru format in dpgen2, the lammps will raise error:
read_data conf.lmp
Reading data file ...
triclinic box = (0 0 0) to (13.160973 13.160973 13.160973) with tilt (0 0 0)
1 by 1 by 1 MPI processor grid
reading atoms ...
ERROR: Incorrect format in Atoms section of data file: 1 1 3.2902432445 1.0967477482 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
For more information see https://docs.lammps.org/err0002 (src/atom.cpp:1112)
Last input line: read_data conf.lmp
my STRU file looks like below:
ATOMIC_SPECIES
Si 28.085 Si.upf
C 12.011 C.upf
NUMERICAL_ORBITAL
Si_gga_7au_100Ry_2s2p1d.orb
C_gga_8au_100Ry_2s2p1d.orb
LATTICE_CONSTANT
1.8897261258369282
LATTICE_VECTORS
13.1609729694430 0.00000000000000 0.00000000000000
0.00000000000000 13.1609729694430 0.00000000000000
0.00000000000000 0.00000000000000 13.1609729694430
ATOMIC_POSITIONS
Direct
Si
0.00000000000000
108
0.25000000000000 0.08333333333300 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.25000000000000 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.08333333333300 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.25000000000000 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.08333333333300 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.25000000000000 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.08333333333300 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.25000000000000 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.08333333333300 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.25000000000000 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.08333333333300 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.25000000000000 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.41666666666700 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.58333333333300 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.41666666666700 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.58333333333300 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.41666666666700 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.58333333333300 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.41666666666700 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.58333333333300 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.41666666666700 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.58333333333300 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.41666666666700 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.58333333333300 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.75000000000000 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.91666666666700 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.75000000000000 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.91666666666700 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.75000000000000 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.91666666666700 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.75000000000000 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.91666666666700 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.75000000000000 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.25000000000000 0.91666666666700 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.75000000000000 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.08333333333300 0.91666666666700 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.08333333333300 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.25000000000000 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.08333333333300 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.25000000000000 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.08333333333300 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.25000000000000 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.08333333333300 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.25000000000000 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.08333333333300 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.25000000000000 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.08333333333300 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.25000000000000 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.41666666666700 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.58333333333300 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.41666666666700 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.58333333333300 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.41666666666700 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.58333333333300 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.41666666666700 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.58333333333300 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.41666666666700 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.58333333333300 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.41666666666700 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.58333333333300 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.75000000000000 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.91666666666700 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.75000000000000 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.91666666666700 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.75000000000000 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.91666666666700 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.75000000000000 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.91666666666700 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.75000000000000 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.58333333333300 0.91666666666700 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.75000000000000 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.41666666666700 0.91666666666700 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.08333333333300 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.25000000000000 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.08333333333300 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.25000000000000 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.08333333333300 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.25000000000000 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.08333333333300 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.25000000000000 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.08333333333300 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.25000000000000 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.08333333333300 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.25000000000000 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.41666666666700 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.58333333333300 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.41666666666700 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.58333333333300 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.41666666666700 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.58333333333300 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.41666666666700 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.58333333333300 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.41666666666700 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.58333333333300 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.41666666666700 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.58333333333300 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.75000000000000 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.91666666666700 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.75000000000000 0.08333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.91666666666700 0.25000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.75000000000000 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.91666666666700 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.75000000000000 0.41666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.91666666666700 0.58333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.75000000000000 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.91666666666700 0.91666666666700 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.75000000000000 0.75000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.75000000000000 0.91666666666700 0.91666666666700 1 1 1 mag 0.0
C
0.00000000000000
108
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.16666666666700 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.00000000000000 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.16666666666700 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.00000000000000 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.16666666666700 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.00000000000000 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.16666666666700 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.00000000000000 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.16666666666700 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.00000000000000 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.16666666666700 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.33333333333300 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.50000000000000 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.33333333333300 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.50000000000000 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.33333333333300 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.50000000000000 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.33333333333300 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.50000000000000 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.33333333333300 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.50000000000000 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.33333333333300 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.50000000000000 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.66666666666700 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.83333333333300 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.66666666666700 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.83333333333300 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.66666666666700 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.83333333333300 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.66666666666700 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.83333333333300 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.66666666666700 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.00000000000000 0.83333333333300 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.66666666666700 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.16666666666700 0.83333333333300 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.00000000000000 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.16666666666700 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.00000000000000 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.16666666666700 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.00000000000000 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.16666666666700 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.00000000000000 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.16666666666700 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.00000000000000 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.16666666666700 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.00000000000000 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.16666666666700 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.33333333333300 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.50000000000000 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.33333333333300 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.50000000000000 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.33333333333300 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.50000000000000 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.33333333333300 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.50000000000000 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.33333333333300 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.50000000000000 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.33333333333300 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.50000000000000 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.66666666666700 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.83333333333300 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.66666666666700 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.83333333333300 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.66666666666700 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.83333333333300 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.66666666666700 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.83333333333300 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.66666666666700 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.33333333333300 0.83333333333300 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.66666666666700 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.50000000000000 0.83333333333300 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.00000000000000 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.16666666666700 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.00000000000000 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.16666666666700 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.00000000000000 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.16666666666700 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.00000000000000 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.16666666666700 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.00000000000000 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.16666666666700 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.00000000000000 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.16666666666700 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.33333333333300 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.50000000000000 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.33333333333300 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.50000000000000 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.33333333333300 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.50000000000000 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.33333333333300 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.50000000000000 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.33333333333300 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.50000000000000 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.33333333333300 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.50000000000000 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.66666666666700 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.83333333333300 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.66666666666700 0.16666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.83333333333300 0.00000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.66666666666700 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.83333333333300 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.66666666666700 0.50000000000000 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.83333333333300 0.33333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.66666666666700 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
0.66666666666700 0.83333333333300 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.66666666666700 0.83333333333300 1 1 1 mag 0.0
0.83333333333300 0.83333333333300 0.66666666666700 1 1 1 mag 0.0
The generated conf.lmp for lammps is:
216 atoms
2 atom types
0.0000000000 13.1609729779 xlo xhi
0.0000000000 13.1609729779 ylo yhi
0.0000000000 13.1609729779 zlo zhi
0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 xy xz yz
Atoms # atomic
1 1 3.2902432445 1.0967477482 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
2 1 3.2902432445 3.2902432445 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
3 1 1.0967477482 1.0967477482 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
4 1 1.0967477482 3.2902432445 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
5 1 3.2902432445 1.0967477482 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
6 1 3.2902432445 3.2902432445 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
7 1 1.0967477482 1.0967477482 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
8 1 1.0967477482 3.2902432445 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
9 1 3.2902432445 1.0967477482 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
10 1 3.2902432445 3.2902432445 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
11 1 1.0967477482 1.0967477482 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
12 1 1.0967477482 3.2902432445 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
13 1 3.2902432445 5.4837387408 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
14 1 3.2902432445 7.6772342371 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
15 1 1.0967477482 5.4837387408 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
16 1 1.0967477482 7.6772342371 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
17 1 3.2902432445 5.4837387408 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
18 1 3.2902432445 7.6772342371 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
19 1 1.0967477482 5.4837387408 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
20 1 1.0967477482 7.6772342371 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
21 1 3.2902432445 5.4837387408 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
22 1 3.2902432445 7.6772342371 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
23 1 1.0967477482 5.4837387408 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
24 1 1.0967477482 7.6772342371 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
25 1 3.2902432445 9.8707297334 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
26 1 3.2902432445 12.0642252297 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
27 1 1.0967477482 9.8707297334 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
28 1 1.0967477482 12.0642252297 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
29 1 3.2902432445 9.8707297334 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
30 1 3.2902432445 12.0642252297 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
31 1 1.0967477482 9.8707297334 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
32 1 1.0967477482 12.0642252297 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
33 1 3.2902432445 9.8707297334 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
34 1 3.2902432445 12.0642252297 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
35 1 1.0967477482 9.8707297334 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
36 1 1.0967477482 12.0642252297 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
37 1 7.6772342371 1.0967477482 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
38 1 7.6772342371 3.2902432445 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
39 1 5.4837387408 1.0967477482 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
40 1 5.4837387408 3.2902432445 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
41 1 7.6772342371 1.0967477482 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
42 1 7.6772342371 3.2902432445 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
43 1 5.4837387408 1.0967477482 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
44 1 5.4837387408 3.2902432445 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
45 1 7.6772342371 1.0967477482 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
46 1 7.6772342371 3.2902432445 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
47 1 5.4837387408 1.0967477482 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
48 1 5.4837387408 3.2902432445 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
49 1 7.6772342371 5.4837387408 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
50 1 7.6772342371 7.6772342371 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
51 1 5.4837387408 5.4837387408 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
52 1 5.4837387408 7.6772342371 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
53 1 7.6772342371 5.4837387408 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
54 1 7.6772342371 7.6772342371 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
55 1 5.4837387408 5.4837387408 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
56 1 5.4837387408 7.6772342371 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
57 1 7.6772342371 5.4837387408 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
58 1 7.6772342371 7.6772342371 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
59 1 5.4837387408 5.4837387408 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
60 1 5.4837387408 7.6772342371 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
61 1 7.6772342371 9.8707297334 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
62 1 7.6772342371 12.0642252297 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
63 1 5.4837387408 9.8707297334 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
64 1 5.4837387408 12.0642252297 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
65 1 7.6772342371 9.8707297334 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
66 1 7.6772342371 12.0642252297 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
67 1 5.4837387408 9.8707297334 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
68 1 5.4837387408 12.0642252297 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
69 1 7.6772342371 9.8707297334 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
70 1 7.6772342371 12.0642252297 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
71 1 5.4837387408 9.8707297334 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
72 1 5.4837387408 12.0642252297 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
73 1 12.0642252297 1.0967477482 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
74 1 12.0642252297 3.2902432445 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
75 1 9.8707297334 1.0967477482 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
76 1 9.8707297334 3.2902432445 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
77 1 12.0642252297 1.0967477482 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
78 1 12.0642252297 3.2902432445 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
79 1 9.8707297334 1.0967477482 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
80 1 9.8707297334 3.2902432445 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
81 1 12.0642252297 1.0967477482 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
82 1 12.0642252297 3.2902432445 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
83 1 9.8707297334 1.0967477482 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
84 1 9.8707297334 3.2902432445 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
85 1 12.0642252297 5.4837387408 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
86 1 12.0642252297 7.6772342371 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
87 1 9.8707297334 5.4837387408 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
88 1 9.8707297334 7.6772342371 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
89 1 12.0642252297 5.4837387408 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
90 1 12.0642252297 7.6772342371 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
91 1 9.8707297334 5.4837387408 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
92 1 9.8707297334 7.6772342371 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
93 1 12.0642252297 5.4837387408 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
94 1 12.0642252297 7.6772342371 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
95 1 9.8707297334 5.4837387408 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
96 1 9.8707297334 7.6772342371 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
97 1 12.0642252297 9.8707297334 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
98 1 12.0642252297 12.0642252297 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
99 1 9.8707297334 9.8707297334 1.0967477482 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
100 1 9.8707297334 12.0642252297 3.2902432445 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
101 1 12.0642252297 9.8707297334 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
102 1 12.0642252297 12.0642252297 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
103 1 9.8707297334 9.8707297334 5.4837387408 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
104 1 9.8707297334 12.0642252297 7.6772342371 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
105 1 12.0642252297 9.8707297334 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
106 1 12.0642252297 12.0642252297 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
107 1 9.8707297334 9.8707297334 9.8707297334 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
108 1 9.8707297334 12.0642252297 12.0642252297 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
109 2 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
110 2 0.0000000000 2.1934954963 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
111 2 2.1934954963 0.0000000000 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
112 2 2.1934954963 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
113 2 0.0000000000 0.0000000000 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
114 2 0.0000000000 2.1934954963 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
115 2 2.1934954963 0.0000000000 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
116 2 2.1934954963 2.1934954963 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
117 2 0.0000000000 0.0000000000 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
118 2 0.0000000000 2.1934954963 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
119 2 2.1934954963 0.0000000000 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
120 2 2.1934954963 2.1934954963 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
121 2 0.0000000000 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
122 2 0.0000000000 6.5804864889 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
123 2 2.1934954963 4.3869909926 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
124 2 2.1934954963 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
125 2 0.0000000000 4.3869909926 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
126 2 0.0000000000 6.5804864889 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
127 2 2.1934954963 4.3869909926 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
128 2 2.1934954963 6.5804864889 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
129 2 0.0000000000 4.3869909926 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
130 2 0.0000000000 6.5804864889 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
131 2 2.1934954963 4.3869909926 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
132 2 2.1934954963 6.5804864889 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
133 2 0.0000000000 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
134 2 0.0000000000 10.9674774816 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
135 2 2.1934954963 8.7739819853 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
136 2 2.1934954963 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
137 2 0.0000000000 8.7739819853 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
138 2 0.0000000000 10.9674774816 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
139 2 2.1934954963 8.7739819853 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
140 2 2.1934954963 10.9674774816 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
141 2 0.0000000000 8.7739819853 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
142 2 0.0000000000 10.9674774816 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
143 2 2.1934954963 8.7739819853 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
144 2 2.1934954963 10.9674774816 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
145 2 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
146 2 4.3869909926 2.1934954963 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
147 2 6.5804864889 0.0000000000 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
148 2 6.5804864889 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
149 2 4.3869909926 0.0000000000 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
150 2 4.3869909926 2.1934954963 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
151 2 6.5804864889 0.0000000000 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
152 2 6.5804864889 2.1934954963 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
153 2 4.3869909926 0.0000000000 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
154 2 4.3869909926 2.1934954963 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
155 2 6.5804864889 0.0000000000 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
156 2 6.5804864889 2.1934954963 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
157 2 4.3869909926 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
158 2 4.3869909926 6.5804864889 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
159 2 6.5804864889 4.3869909926 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
160 2 6.5804864889 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
161 2 4.3869909926 4.3869909926 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
162 2 4.3869909926 6.5804864889 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
163 2 6.5804864889 4.3869909926 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
164 2 6.5804864889 6.5804864889 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
165 2 4.3869909926 4.3869909926 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
166 2 4.3869909926 6.5804864889 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
167 2 6.5804864889 4.3869909926 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
168 2 6.5804864889 6.5804864889 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
169 2 4.3869909926 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
170 2 4.3869909926 10.9674774816 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
171 2 6.5804864889 8.7739819853 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
172 2 6.5804864889 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
173 2 4.3869909926 8.7739819853 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
174 2 4.3869909926 10.9674774816 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
175 2 6.5804864889 8.7739819853 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
176 2 6.5804864889 10.9674774816 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
177 2 4.3869909926 8.7739819853 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
178 2 4.3869909926 10.9674774816 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
179 2 6.5804864889 8.7739819853 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
180 2 6.5804864889 10.9674774816 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
181 2 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
182 2 8.7739819853 2.1934954963 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
183 2 10.9674774816 0.0000000000 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
184 2 10.9674774816 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
185 2 8.7739819853 0.0000000000 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
186 2 8.7739819853 2.1934954963 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
187 2 10.9674774816 0.0000000000 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
188 2 10.9674774816 2.1934954963 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
189 2 8.7739819853 0.0000000000 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
190 2 8.7739819853 2.1934954963 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
191 2 10.9674774816 0.0000000000 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
192 2 10.9674774816 2.1934954963 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
193 2 8.7739819853 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
194 2 8.7739819853 6.5804864889 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
195 2 10.9674774816 4.3869909926 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
196 2 10.9674774816 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
197 2 8.7739819853 4.3869909926 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
198 2 8.7739819853 6.5804864889 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
199 2 10.9674774816 4.3869909926 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
200 2 10.9674774816 6.5804864889 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
201 2 8.7739819853 4.3869909926 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
202 2 8.7739819853 6.5804864889 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
203 2 10.9674774816 4.3869909926 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
204 2 10.9674774816 6.5804864889 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
205 2 8.7739819853 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
206 2 8.7739819853 10.9674774816 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
207 2 10.9674774816 8.7739819853 2.1934954963 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
208 2 10.9674774816 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
209 2 8.7739819853 8.7739819853 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
210 2 8.7739819853 10.9674774816 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
211 2 10.9674774816 8.7739819853 6.5804864889 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
212 2 10.9674774816 10.9674774816 4.3869909926 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
213 2 8.7739819853 8.7739819853 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
214 2 8.7739819853 10.9674774816 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
215 2 10.9674774816 8.7739819853 10.9674774816 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
216 2 10.9674774816 10.9674774816 8.7739819853 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000
The dpgen2 setting is like this:
"explore": {
"type": "lmp",
"config": {
"command": "${LMP} -var restart 0"
},
"max_numb_iter": 25,
"fatal_at_max": false,
"output_nopbc": false,
"convergence": {
"type": "adaptive-lower",
"level_f_hi": 0.8,
"rate_candi_f": 0.2,
"n_checked_steps": 5,
"conv_tolerance": 0.005,
"candi_sel_prob": "inv_pop_f:10",
"_command": "all"
},
"configurations": [
{
"type": "file",
"fmt": "abacus/stru",
"prefix": "./assets/start_stru",
"files": ["SiC_3C_3x3x3"]
},
{
"type": "file",
"fmt": "abacus/stru",
"prefix": "./assets/start_stru/init_perturbed",
"files": ["*"]
},
{
"type": "file",
"fmt": "abacus/stru",
"prefix": "./assets/start_stru/defect",
"files": ["*"]
},
{
"type": "file",
"fmt": "abacus/stru",
"prefix": "./assets/start_stru/defect_perturbed",
"files": ["*"]
}
],
"stages": [
[
{
"type": "lmp-md",
"conf_idx": [0],
"n_sample": 1,
"ensemble": "nvt",
"temps": [300, 900, 1200, 3000, 6000],
"dt": 0.001,
"nsteps": 3000,
"trj_freq": 10,
"input_extra_files": ["./assets/dp/SiC_ZBL.txt"],
"_comment": "okay"
}
],
[
{
"type": "lmp-md",
"conf_idx": [1],
"n_sample": 8,
"ensemble": "nvt",
"temps": [2000, 3000, 6000],
"dt": 0.001,
"nsteps": 3000,
"trj_freq": 10,
"input_extra_files": ["./assets/dp/SiC_ZBL.txt"],
"_comment": "okay"
}
],
[
{
"type": "lmp-md",
"conf_idx": [2],
"n_sample": 8,
"ensemble": "nvt",
"temps": [300, 900, 1500, 3000, 6000],
"dt": 0.001,
"nsteps": 3000,
"trj_freq": 10,
"input_extra_files": ["./assets/dp/SiC_ZBL.txt"],
"_comment": "okay"
}
],
[
{
"type": "lmp-md",
"conf_idx": [3],
"n_sample": 32,
"ensemble": "nvt",
"temps": [1500, 3000, 6000],
"dt": 0.001,
"nsteps": 3000,
"trj_freq": 10,
"input_extra_files": ["./assets/dp/SiC_ZBL.txt"],
"_comment": "okay"
}
]
],
"_comment": "okay"
},